Жіноча особина відкладає близько 120 темно-червоних ікринок, які розташовуються в особливому місці у самця близько хвоста.
Там відбувається процес запліднення і ікринки живуть на батьковому тілі ще 4-8 тижнів, до моменту появи малюків.
Протягом всієї вагітності самка і самець тримаються неподалік, періодично влаштовуючи запізнілий шлюбний танець, під час виконання якого колір шкіри обох особин стає набагато яскравіше, ніж зазвичай.
Як тільки малюки з’являються на світ, вони відразу ж вступають у самостійне життя, надані самим собі, батьки в їх вирощуванні не беруть ніякої участі.
На жаль, тільки 5 відсотків цих незвичайних створінь доживають до зрілого віку і здатні зробити наступне покоління. При сприятливому збігу обставин в дикій природі коник ганчірника живе близько 5 років.
