По способу життя алігатори – одинаки. Але захопити і захистити свою територію можуть тільки великі представники виду. Вони ревно ставляться до посягань на їх ділянку і проявляють агресію. Молодняк тримається невеликими групами.
Тварини прекрасно плавають, керуючи хвостом як гребним веслом. На поверхні землі алігатори швидко переміщаються, бігають зі швидкістю до 40 км/год, але тільки на невеликі відстані. Активність рептилій висока в період з квітня по жовтень, в теплі сезони року.
З похолоданням починається підготовка до довгої сплячки. Тварини риють нори на прибережних ділянках з гніздовими камерами для зимовища. Поглиблення до 1,5 м і довжиною 15-25 м дозволяють сховатися кільком рептиліям відразу.
Їжі в сплячці тварини не отримують. Деякі особини просто ховаються в бруд, але залишають ніздрі над поверхнею для доступу кисню. Температурне середовище зимування рідко буває нижче 10°С, але навіть морози алігатори добре переносять.
З приходом весни рептилії довго гріються на сонці, пробуджуючи свій організм. Незважаючи на велику масу тіла, тварини моторні в полюванні. Свої основні жертви заковтують відразу, а великі екземпляри спочатку тягнуть під воду, а потім рвуть на частини або залишають для гниття і розпаду туші.
Американський алігатор відомий як архітектор нових водойм. Тварина викопує ставок в болотистій місцевості, який насичується водою і заселяється тваринами і рослинами. Якщо водойма пересихає, недолік їжі може призвести до випадків канібалізму.
Рептилії починають пошуки нових водних джерел. Спілкування алігаторів між собою відбувається за допомогою набору криків. Це можуть бути загрози, шлюбні заклики, рик, попередження про небезпеку, поклик дитинчат і інші звуки.
