Часті спарювання цих тварин і позитивне ставлення до сексуальних стосунків не забезпечують очікуваного хорошого розмноження бонобо. У середньому самка робить малюка на світ один раз у п’ять років.
З-за такою слабкою плодючості бонобо стає все менше і менше. Вагітність самки триває близько 225 днів. Після чого народжується один, іноді два малюка. Деякий час малюк тримається за шерсть на грудях своєї матері.
Після виконання 6 місяців він перебирається їй на спину. Навіть чотирирічні діти намагаються бути ближче до матері. В природі живуть ці тварини близько 40 років, у заповідниках доживають до 60 років.
